En Ubuntu ve al menu Aplicaciones -> Accesorios -> Terminal
Ahora copia y pega las siguientes ordenes ó comandos en el terminal una a una, cuando peges la primera dale a intro, te pedira tu contraseña (escribela y pulsa intro aunque no se vea que escribe)
sudo add-apt-repository ppa:jd-team/jdownloader
sudo aptitude update
sudo aptitude install jdownloader
Una vez instalado para arrancar el programa se hace desde Aplicaciones -> Internet -> JDownloader
Para aprender a manejarlo se puede consutar este manual http://www.neoteo.com/tutorial-jdownloader.neo